Existen distintos formatos ya que JavaScript originalmente no incluía el concepto de modulos.

Asynchronous Module Definition (AMD)

Es usado por los navegadores.
Utiliza define como palabra reservada.

// suma.js
define(function() {
  return suma = function(r) {
    return r + r;
  }
});


// index.js
define(function(require) {
  require('./suma');
  suma(4); // = 8
}

CommonJS (CJS)

Se usa en npm y Node.js.
Utiliza require y module.exports para definir las dependencias de los modulos.

// utils.js
function suma(r){
  return r + r;
}
exports.suma = suma;


// index.js
var utils = require('./utils.js');
utils.suma(4); // = 8

ES Module (ESM).

Es parte del lenguaje nativo a partir de ECMAScript 6.
Utiliza import y export para definir las dependencias de los modulos.
La keyword System.register se diseño para dar soporte a los modulos en ECMAScript 5.

// suma.js
 export function suma(r) {
   return r + r;
 }


 // index.js
 import suma from "./suma";
 suma(4); // = 8

Universal Module Definition (UMD)

Se puede usar en el navegador y en Node.js.
https://github.com/umdjs/umd/tree/master/templates